Det är andra gången som Magnus Haglund lämnar rollen som tränare i Elfsborg. 2004–2011 ledde han klubben till både SM-guld (2006) och Uefacupens gruppspel, innan han flyttade till norska Lillestrøm.
"Jag har gett allt för föreningen under dessa år. Men jag har kommit till en punkt där jag känner att det är bäst att någon annan tar över", säger Magnus Haglund i ett pressmeddelande.
För tre år sedan återvände han till Boråsklubben, sedan dåvarande tränaren Klas Ingesson gått bort i cancer.
Efter en fjärdeplats 2015 och en femteplats förra säsongen har den här säsongen blivit en rejäl missräkning. Elfsborg, svensk mästare senast 2012, ligger tia och är på väg mot sin sämsta allsvenska placering på över ett decennium.
"Vi vet att vi har ett lag som vill mer. Vi behöver nu samla våra krafter och vår energi på de resterande matcherna", säger klubbchefen Stefan Andreasson.
Assisterande tränarna Nemanja Miljanovic och Jan Mian tar över huvudansvaret för resten av säsongen.
- För oss är det viktigt att öka energin, att spelarna jobbar för varandra, att vi uppträder som ett lag. Vi vill gärna spela de unga spelarna. Det finns inga Europaplatser i potten, ingen risk att åka ut, säger Jan Mian till Göteborgs-Posten.